Межправительственное соглашение о строительстве железножорожной магистрали Rail Baltica имеет ряд недостатков. В частности, из него не ясно, каким образом будет оплачен проект сметной стоимостью почти в 6 млрд. евро. Есть в документе, проходящем ратификацию в парламенте Эстонии, и другие недостатки, гласит заключение Госконтроля Эстонии.