В понедельник Михаил Прокофьев собрал в актовом зале СЗТУ руководителей подразделений и официально объявил о своей отставке. По словам генерала, он «не разделяет позицию руководства ФТС», «не понимает» поставленных перед ним задач и имеет собственный взгляд на развитие службы, отличный от воззрений главы ФТС Андрея Бельянинова. Деталей своих разногласий с руководством службы господин Прокофьев сообщать не стал, заявив лишь, что его заявление удовлетворено руководством ФТС и что он уходит в отпуск до 12 ноября, после чего окончательно покинет службу.
За два года его руководства управление неоднократно становилось фигурантом всевозможных расследований. Некоторые из них — как, например, уголовные дела бывших начальников Псковской и Кингисеппской таможен — господин Прокофьев инициировал сам (оба дела полностью развалились в суде). В других случаях под подозрением оказывались люди, поставленные самим начальником СЗТУ. Больше всего шума вызвали проверки Балтийской таможни — она оформляет до 90% всего мясного импорта РФ, а также значительную часть продовольственного импорта и контейнерные грузы. Первая проводилась осенью 2008 года силами оперативников центрального аппарата ФСБ РФ, заподозривших местных таможенников в организации каналов поставки контрабандных товаров из Юго-Восточной Азии, и закончилась возбуждением ряда уголовных дел. Наряду с пятью сотрудниками Балтийской таможни в них фигурируют и сотрудники таможенного брокера «Росморавиа», занимавшегося таможенной очисткой товаров для Черкизовского рынка.
В марте—апреле 2009 года на Балтийскую таможню вновь высадился московский десант — на этот раз из Главного управления по борьбе с контрабандой и Главного управления доходов ФТС. Оперативники заподозрили таможенников в занижении таможенной стоимости некоторых товаров. По итогам этой проверки глава ФТС Андрей Бельянинов распорядился уволить по разным основаниям около десятка функционеров СЗТУ за «упущения в работе».
В пресс-службе ФТС пока не комментируют изменения в руководстве СЗТУ.