В Лудзенский районный суд дело Агафонова поступило 16 декабря 2008 года, а первое судебное заседание состоялось 22 сентября 2009 года.
Согласно обвинительному заключению, своими действиями Агафонов причинил государству материальный ущерб в размере 140 698 латов (200 997 евро), а его жена - 9311 латов (13 301 евро).
Этот уголовный процесс об уклонении от уплаты налогов был выделен от процесса о контрабанде, в котором Агафонов тоже фигурирует.
По уголовным процессам о взяточничестве, контрабанде и злоупотреблении служебным положением на пункте пограничного контроля в Терехово в ноябре 2007 года было задержано несколько десятков человек, в том числе Агафонов. В отношении по меньшей мере 10 из них в качестве меры пресечения был избран арест. Агафонов через четыре месяца был освобожден под денежный залог.