Апелис родился 8 июня 1942 года в Даугавпилсе, в 1969 году получил высшее образование на Юридическом факультете Латвийского университета.
В системе МВД начал работать в 1966 году в качестве следователя. Руководил Отделом расследований Управления внутренних дел города Рига, затем стал заместителем начальника Управления внутренних дел Риги.
Преподавал в Высшей школе милиции в Риге.
В 1991 году стал начальником штаба Департамента милиции Управления внутренних дел города Рига, после этого возглавил департамент.
В 1992 году стал заместителем министра внутренних дел и начальником Департамента информации, а чуть позже - заместителем госсекретаря министра внутренних дел.
С 1996 год по 1999 был начальником ПБ.
Генерал Янис Апелис был награжден более 60 раз. Среди наград - Почетный знак участника баррикад 1991 года, Золотой знак Ордена Трех звезд
Похороны состоятся 12 сентября в 14 часов на Первом лесном кладбище.