Как установила проверка, Дмитрий Гаев «при исполнении своих обязанностей действовал недобросовестно, ущемляя интересы унитарного предприятия, в том числе в целях личного обогащения». Генпрокуратура пришла к выводу, что начальник метрополитена создал систему, при которой различного рода технические разработки, поставленные и внедренные за счет средств ГУП, оформлялись как его личное изобретение, либо коммерческой структуры, выполнявшей работы по контракту с метрополитеном, в ущерб интересам возглавляемого предприятия.
По данным Генпрокуратуры, используя полученные за счет средств госпредприятия результаты, Гаев стал патентообладателем и с 1999 года получил в общей совокупности 112 млн рублей дохода от возглавляемого им предприятия. Как стало известно, Гаев незаконно продолжал получать доход по лицензионному договору и в период прекращения действия патента с 17 января 2003 года по 22 ноября 2004 года (прекращение действия патента произошло в связи с неоплатой пошлины за поддержание патента в силе).
Во время проверки выяснилось, что Генпрокуратура подозревает руководство метрополитена в необоснованной компенсации тарифов на перевозку пассажиров за счет их повышения. По предварительным данным, руководство предприятия заключало договоры, негативно влияющие на формирование тарифов на перевозку пассажиров, и необоснованно компенсировало их за счет роста тарифов на перевозку пассажиров. По официальным данным, годовая выручка московского метро составляет около 50 млрд рублей, сообщает РИА «Новости».